Skerl Alfonz Szombathelyen született, gyermekkorát Siófokon töltötte. Középiskolai tanulmányait Magyarországon kezdte; 1944-ben Veszprémben fejezte be az ötödik gimnáziumi osztályt, majd a második világháború végén családjával Ausztriába került. 1948-ban az innsbrucki magyar iskolában érettségizett. Eredetileg mérnöki pályára készült, papi hivatásának kialakulásában azonban meghatározó szerepet játszott egy Ausztriában hallott redemptorista missziós előadássorozat. Saját visszaemlékezése szerint különösen mély hatást gyakorolt rá egy szerzetes beszámolója, aki orosz hadifogsága idején fogolytársai között végzett lelkipásztori munkájáról beszélt. Néhány napon belül úgy döntött, hogy mérnöki tanulmányok helyett a papi hivatást választja.

1948. október 9-én kezdte meg teológiai tanulmányait az Innsbrucki Egyetemen, 1951-ig a jezsuiták által vezetett Canisianum növendéke volt. 1951-ben az Egyesült Államokba költözött, ahol Indiana államban, a Saint Meinrad-i szemináriumban folytatta és fejezte be tanulmányait. Badalik Bertalan veszprémi püspök engedélyével 1955. május 3-án Saint Meinradban szentelték pappá a Veszprémi Egyházmegye szolgálatára.

Papi szolgálatát 1955-ben Michigan Cityben kezdte segédlelkészként. Ezt követően Garyben, előbb a Holy Rosary (Szentolvasó), majd 1959 és 1962 között a Miller városrészben működő St. Mary of the Lake plébánián szolgált. Utóbbi időszakra később papi életének egyik legszebb szakaszaként emlékezett vissza; részt vett a templom építésével, valamint az iskola és a plébániaépület bővítésével kapcsolatos munkában is.

1962-ben Missouri államba helyezték, ahol a St. Louis-i St. Mary of Victories plébánosa lett. 1971-ben tért vissza a Gary-i Egyházmegyébe, és átvette az East Chicago-i Holy Trinity Hungarian Parish, a magyar Szentháromság-plébánia, valamint a Gary-i St. Emeric, azaz Szent Imre-plébánia vezetését. Az East Chicago-i magyar plébániát 45 éven át, egészen annak 2016-os bezárásáig vezette. A Saint Meinrad-i intézmény alumni kiadványa szerint a Szentháromság-plébánia utolsó szentmiséjét 2016. október 23-án tartották, amelyen Skerl Alfonz is felszólalt.

Lelkipásztori munkájának jelentős részét az amerikai magyar katolikus közösségek szolgálata és a magyar vallási, illetve kulturális hagyományok megőrzése jelentette. Több mint négy évtizedes East Chicago-i szolgálatával az észak-indianai magyar katolikus élet egyik meghatározó lelkipásztorává vált. A plébánia megszűnése után nyugállományba vonult, de lelkipásztori tevékenységét nem hagyta teljesen abba: kórházlelkészi és kisegítő papi szolgálatot is végzett.

Munkássága elismeréseként 2015-ben megkapta a Magyar Érdemrend tisztikeresztjét, 2016-ban pedig a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia Pro Ecclesia Hungariae-díjjal tüntette ki.

Életének különleges epizódja filmes szereplése. Norman Jewison 1978-ban bemutatott, Sylvester Stallone főszereplésével készült F.I.S.T. című filmjében papot alakított. A film hivatalos stáblistáján „Father Alphonse Skerl” néven szerepel; szereplését az American Film Institute katalógusa is megerősíti.

Szabadidejében komolyan foglalkozott vasútmodellezéssel és fényképezéssel, emellett érdeklődési köréhez tartozott az utazás, a síelés, a baseball és a labdarúgás is.

Idős korában is kapcsolatban maradt az egyházi és magyar közösségekkel. A Gary-i Egyházmegye jelenlegi papi névtára Senior Priest minőségben tartja nyilván.

Emlékkönyvek szerkesztése (St. Louis, East Chicago)